วัดปากน้ำเป็นวัดเก่าแก่แก่ สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นตั้งแต่สมัยอยุธยาพบได้จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์ โบราณวัตถุต่างๆ เช่น หอไตร ตู้พระไตรปิฎกทรงบุษบก ร่วมสมัยสถาปัตยกรรมเก่าแก่ภายในวัดได้แเก่ หอไตร เดิมเป็นโครงสร้างสกุลช่างอยุธยา สมัยสมเด็จพระนารายณ์ เป็นไม้จำหลักทั้งหลัง หลังคาเป็นมุขประเจิดทั้งสองด้าน
วัดปากน้ำภาษีเจริญ เดิมชื่อ วัดสมุทธาราม แต่เนื่องจากสร้างอยู่ติดกับปากคลองด่าน และคลองภาษีเจริญที่ขุดขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 4 ประชาชนในบริเวณนั้นจึงเรียกชื่อตามตำแหน่งที่ตั้งที่จดจำได้ง่ายขึ้น วัดปากน้ำเป็นวัดเก่าแก่แก่ สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นตั้งแต่สมัยอยุธยาพบได้จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์ โบราณวัตถุต่างๆ เช่น หอไตร ตู้พระไตรปิฎกทรงบุษบก ร่วมสมัย สมเด็จพระนารายณ์มหาราช พระอุโบสถที่มีโครงสร้างแบบช่างอยุธยา และยังได้พบชื่อ พระครูธนะราชมุนี อดีตเจ้าอาวาสวัดปากน้ำ ปรากฎอยู่ในพงศาวดารในรัชสมัยสมเด็จพระที่นั่งสุริยาศน์อมรินทร์ (พระเจ้าเอกทัศ) ได้รับสถาปนาวัด เป็นพระอารามหลวงที่อยู่นอกกรุงศรีอยุธยา และวัดสำคัญประจำหัวเมืองหน้าด่านทางทะเล วัดปากน้ำมีอดีตพระเถระผู้ใหญ่ที่มีชื่อเสียงหลายท่าน แต่พระที่มีผู้เคารพนับถือสรัทธามากที่สุดได้แก่ พระมงคลเทพมุนี (สด จนฺทสโร) ผู้มีวิริยอุตสาหะในการศึกษาคำสอนของพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ทั้งภาคปริยัติและภาคปฏิบัติ ค้นพบวิธีการเข้าถึงวิชาธรรมกายซึ่งสูญหายไปหลังพุทธปรินิพพานได้ ๕๐๐ ปี ซึ่งต่อมาได้รับการเผยแพร่ จนแพร่หลายไปทั่วประเทศ สถาปัตยกรรมเก่าแก่ภายในวัดได้แเก่ หอไตร เดิมเป็นโครงสร้างสกุลช่างอยุธยา สมัยสมเด็จพระนารายณ์ เป็นไม้จำหลักทั้งหลัง หลังคาเป็นมุขประเจิดทั้งสองด้าน พบเอกสารขอพระบรมราชานุญาตปฏิสังขรณ์ในสมัยรัชกาลที่ 5 ต่อมา ในปีพ.ศ. 2529 อาคารผุพัง ชำรุดทรุดโทรมมาก ต้องบูรณะ สร้างใหม่ทั้งหลังแต่ยังถอดแบบมาจากอาคารเดิม
